新技術幫助鑒定影響惡性腦瘤發(fā)生的關鍵基因

膠質母細胞瘤是一種預后很差的惡性腦腫瘤，在最近一項研究中，來自烏普薩拉大學的研究人員開發(fā)出一種方法，用于鑒定功能性突變及其對與膠質母細胞瘤發(fā)展相關的基因的影響，該研究發(fā)表在《genome biology》雜志上。

癌癥是由導致細胞分裂不受控制的突變引起的。膠質母細胞瘤是一種最具侵略性的腦瘤，且預后很差。然而，目前我們對于非編碼區(qū)的突變如何驅動膠質母細胞瘤的發(fā)生知之甚少。

為了解決這一問題，烏普薩拉大學的研究人員對膠質母細胞瘤患者腫瘤組織中的DNA進行了全基因組測序，并對發(fā)現的突變進行了分析。

研究人員認為，在整個進化過程中在哺乳動物中保持不變的DNA序列可能具有重要的功能。因此，他們將有關突變所在的遺傳區(qū)域的進化保守性信息與他們發(fā)現的數千個突變相交。

烏普薩拉大學醫(yī)學生物化學與微生物學系和布羅德研究所的Kerstin-Lindblad-Toh教授說：“我們選擇集中于保存最完好的遺傳區(qū)域中可能影響基因調控的突變序列”。

研究人員使用SEMA3C基因驗證了他們的結果，部分原因是他們在該基因附近的非編碼調控區(qū)發(fā)現了大量突變，以及先前的發(fā)現表明SEMA3C與不良的癌癥預后有關。

“我們研究了非編碼區(qū)的突變如何影響SEMA3C的功能和活性。我們的結果表明，SEMA3C附近的一種特定的，進化保守的突變破壞了某些蛋白質的結合?！?/span>

這項研究還確定了其他200多個在相關區(qū)域富集非編碼突變的基因。這些可能具有調節(jié)其它基因表達的潛力，Forsberg-Nilsson總結說：“我們的結果證實了非編碼區(qū)遺傳變異，它們的生物學功能和疾病病理之間關聯的重要性。”