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**控制節(jié)點算法為疾病聯(lián)合治療提供新候選靶標

2019-07-10 09:40來源:生物谷


如何不局限于已有藥物來開發(fā)新穎的聯(lián)合治療方案?對于人類常見復雜疾病,比如癌癥,**步治療往往是手術切除實體腫瘤。然而,癌細胞很難被徹底清除。為了防止癌癥復發(fā),化療、靶向治療、免疫治療及這些療法的聯(lián)合通常作為后續(xù)治療方案。聯(lián)合治療通過對多種致病通路發(fā)揮作用,是對抗藥物抗性和疾病異質性的有效策略。目前大多數(shù)聯(lián)合治療的開發(fā)側重于確定現(xiàn)有藥物的協(xié)同組合。然而,現(xiàn)有藥物僅靶向蛋白質組的很小一部分。截至2016年,僅有667種人類蛋白質作為FDA批準藥物的靶標,而人類共有超過2.1萬個蛋白質編碼基因。因此,大量基因及其組合仍未作為潛在的聯(lián)合治療靶標進行探索。

西安電子科技大學計算機科學與技術學院高琳教授的博士生胡宇軒以**作者,高琳教授和賓夕法尼亞大學Tan Kai教授為共同通信作者在新近出版的《自然·通訊》上發(fā)表研究論文,提出了疾病聯(lián)合治療領域中一個嶄新的問題。


該論文通過使用基因表達作為網絡可控性框架中的約束,開發(fā)了**控制節(jié)點(OptiCon)算法,這是一個基于網絡可控性理論,從基因網絡中識別協(xié)同調控因子的創(chuàng)新性算法。該算法不需使用藥物等先驗信息,通過對網絡模型上的組合優(yōu)化問題求解,為疾病聯(lián)合治療提供新穎的候選靶標組合。該文章的研究者不僅通過計算層面對OptiCon預測結果進行評估,并使用CRISPR/Cas9基因編輯技術對結果準確性進行驗證。


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